血液科建于1961年，经过40余年的不懈努力，血液科已由当年的不固定床位发展到现在，有54张专科床位的独立病区、4张百级层流床和专科实验室。积累了诊治良恶性血液病的丰富临床经验，开展了白血病大剂量化疗、干细胞移植治疗恶性血液病、各种类型贫血及发热待查等疾病的诊断、治疗。学科形成了出血与血栓、恶性血液病诊治与移植、免疫血液病学等三个固定的研究方向。承担并完成省级和厅局级课题20余项，近十年来在省级以上核心期刊发表学术论文300篇左右。获江苏省医学新技术引进一等奖1项，扬州市科技进步奖、市新技术引进奖约30项。2002年2月由该科成立了扬州市血液学研究所。2002年6月该所与扬州大学生命科学与技术学院合作成立了“医学细胞分子生物学联合实验室”。2000年起招收硕士研究生，有2人为硕士生导师。该学科现有医学技术人员19人。包括主任医师3人，副主任医师3名；其中博士2人，硕士10人。有江苏省“突出贡献的中青年专家”1人，江苏省“青蓝工程培养对象”1人。 　　血液科常年收治良恶性血液病、不明原因发热患者等，积累了丰富的经验，并指导本地区疑难血液病的诊治。2000年以来成熟开展自体外周血造血干细胞移植治疗恶性淋巴瘤及自身免疫性疾病，2010年起开展异基因外周血干细胞移植治疗白血病。血液实验室由细胞形态学实验室、流式细胞实验室、出血与血栓实验室、染色体室、分子生物学实验室等组成，实验室每年完成近2000份骨髓报告，为本院和本地区血液科患者提供了准确的形态学诊断；能常规开展白血病MIC分型诊断和干细胞移植所需要的实验项目。2003年学科被批准为扬州市重点学科、2006年血液学实验室被批准为扬州市重点实验室、2007年血液学科被批准为江苏省临床重点专科。