肛肠科以中医特色为主，诊治肛肠科常见病、多发病，保证广大肛肠疾病患者得到及时准确的治疗。病区建设不断完善，病区环境幽静，整洁，装修一新。医疗设备不断完善。有单独的卫生设施。科室严格执行三级医师负责制及护理的三查七对制度。通过加强管理，确保医疗安全。住院病历甲级率历年均达98%以上，多年来从未发生医疗事故及重大医疗纠纷。治疗病种达20种以上。对较严重的疾病如高位复杂性肛瘘、环状混合痔、肛周严重感染合并糖尿病脓毒血症、慢性溃疡性结肠直肠炎、顽固性便秘以及大面积肛管、直肠损伤、重度直肠脱垂以及肛门直肠的良、恶性疾病等疑难复杂病症，还有抢救各种原发性、继发性痔术后大出血病人等都取得较为满意的效果。每年均带教南京中医药大学扬州大学医学院毕业生、实习生，接受省内进修人员。专科药物自成体系。胆黄润肠丸、润肠灵、消痔止血宁、解毒消肿合剂、三黄洗剂、痔宁洗剂以及四品散、生肌玉红膏等外用经药物多年的临床使用深受广大病员的欢迎。