中性粒细胞减少症需从下列方面进行鉴别。
1.继发性粒细胞缺乏症的病因鉴别：根据病史及临床表现一般不难鉴别。但药物诱发者，有时要确定为某一药物所致，会有一定难度，因为患者可能同时或先后使用多种药物。鉴别意义在于今后究竟应终身禁用哪一种药物。
2.各种先天性粒细胞减少症的鉴别：根据粒细胞减少的程度，可确定为良性或严重性粒细胞减少。周期性规律发作者，最易明确诊断，各种综合征伴发的粒细胞减少，则可根据各自的临床特点及实验室检查结果区分。此外，发病年龄对诊断也有一定的参考意义。
3.粒细胞减少并发感染与感染诱发的粒细胞减少的鉴别：非感染原因引发的粒细胞减少症，其粒细胞减少发生在前，感染并发在后，感染诱发的粒细胞减少，则反之。非感染原因引起的粒细胞减少症，如并发感染，大多还有明确的原发病。
4.粒细胞缺乏症恢复期和急性白血病鉴别：粒细胞缺乏症恢复期患者，主要是骨髓象可出现较多粒系早期细胞，包括原始及早幼粒细胞，有时可超过30%，酷似急性髓细胞白血病。鉴别点：①前者有粒细胞缺乏症的病史，以及原发病或用药史。②无淋巴结、肝、脾大等白血病浸润的体征。③通常无贫血和(或)血小板减少。④短期动态观察，骨髓及外周血早期粒系细胞逐渐减少及消失。

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